سید مجتبی خامنه ای، فرزند دوم آیت‌الله سید علی خامنه‌ای، رهبر انقلاب اسلامی، در سال ۱۳۴۸ در مشهد متولد شد. او در خانواده‌ای مذهبی و فرهنگی رشد کرد و از دوران جوانی در فعالیت‌های مذهبی و سیاسی حضور داشت.
سید مجتبی خامنه ای در رشته‌های علوم اسلامی تحصیل کرده و به گزارش برخی منابع، در حوزه علمیه قم تحصیلات عالیه خود را ادامه داده است. وی توانسته به مقام اجتهاد دست یابد و در زمینه علوم دینی شناخته شده است.
او با دختر غلامعلی حدادعادل، یکی از چهره‌های برجسته سیاسی و فرهنگی ایران، ازدواج کرده است. این ازدواج خانواده‌های خامنه‌ای و حدادعادل را بیش از پیش به هم نزدیک کرده است.
محمدحسین خوش‌وقت، از نزدیکان خانواده خامنه‌ای، می‌گوید:
«حاج آقا مجتبی شبیه‌ترین فرزند رهبر انقلاب به ایشان هستند، هم از نظر چهره و هم ویژگی‌های شخصیتی. اما اینکه گفته می‌شود ایشان در مسائل سیاسی کشور دخالت مستقیم دارند، درست نیست. هرچند ممکن است در مواردی مشورت‌هایی ارائه دهند.»
سید مجتبی خامنه ای، با وجود شباهت‌های بسیار به پدرش، در زندگی شخصی و حرفه‌ای خود تمرکز اصلی را بر علوم اسلامی و فعالیت‌های مذهبی گذاشته است. او به عنوان یکی از فرزندان رهبر انقلاب، نقشی مهم در فضای فرهنگی و دینی ایران ایفا کرده است.
