روزنامه هم میهن نوشت: «من هنوز هم مسئول پرونده هسته‌ای‌ام، همین که ما رفتیم با اروپایی‌ها مذاکره کردیم، تصمیم منه!» دو ماه پیش وقتی علی شمخانی این جمله را در گفت‌وگویی ویدئویی با پایگاه خبری نزدیک به خودش بیان کرد، این تصور ایجاد شد که دبیر پیشین شورای عالی امنیت ملی و مشاور سیاسی رهبر انقلاب عنوان تازه‌ای برای خود در نظر گرفته است تا پس از دوری یک‌سال‌ونیمه از جایگاه ریاست دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی، جایگاهی برای خود در سیاست کشور دست و پا کند.
با توجه به سابقه شمخانی ایجاد دستانداز در روند توافق هسته‌ای در ابتدای انتخاب جو بایدن به مقام ریاست‌جمهوری آمریکا و ماه‌های پایانی دولت دوازدهم، این ادعا چندان جدی گرفته‌نشد.
خردادماه امسال حسن روحانی، رئیس‌جمهور پیشین ایران در بخشی از خاطراتش از سال ۱۳۹۲ از پیشنهاد نام شمخانی به‌عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی در ابتدای کار خود اظهار پشیمانی کرده‌بود و تلویحاً شمخانی را مانع اصلی در مقابل احیای برجام و رفع تحریم‌ها تلقی کرد.
بعد از اظهارات شمخانی در مصاحبه آذرماه و انتساب عنوان «مسئول پرونده هسته‌ای» به خودش، تلقی این بود در دولتی که با شعار مذاکره و توافق با غرب روی کار آمده‌است، انتخاب فردی که در خوشبینانه‌ترین حالت سابقه مبهمی در مورد مذاکرات دارد، به‌عنوان مسئول پرونده، نقض غرض است اما هفته گذشته زمانی که همزمان پایگاه اطلاع‌رسانی دولت، خبرگزاری رسمی جمهوری اسلامی (ایرنا) و روابط عمومی سازمان انرژی اتمی هم از همین عنوان برای شمخانی استفاده کردند، موضوع جدی‌تر شد و واکنش‌های زیادی به استفاده از این عنوان توسط رسانه‌های رسمی دولت در شبکه‌های اجتماعی شکل گرفت.
متعاقب استفاده از این عنوان در رسانه‌های رسمی، روابط عمومی وزارت امور خارجه تاکید کرد که مسئولیت مذاکرات هسته‌ای همچنان بر عهده وزارت امور خارجه است. ساعاتی بعد از این بیانیه خبرگزاری ایرنا و پایگاه اطلاع‌رسانی دولت بی‌سروصدا خبرهای خود را اصلاح کردند و عنوان «مسئول پرونده هسته‌ای ایران» را از علی شمخانی پس گرفتند اما خبر روابط عمومی سازمان انرژی اتمی در وب‌سایت و کانال تلگرامی این سازمان دست‌نخورده باقی ماند تا فضا از قبل هم مبهم‌تر شود.
روابط عمومی وزارت امور خارجه در بیانیه خود آورده‌است: «مسئولیت انجام گفت‌وگوها و مذاکرات در موضوع هسته‌ای همچون گذشته بر عهده وزارت امور خارجه است و این امر تحت مدیریت وزیر محترم توسط معاونت‌های سیاسی و حقوقی بین‌المللی انجام می‌شود. بدیهی است تعیین راهبرد مذاکراتی و انجام هماهنگی بین دستگاه‌های ذیربط همچنان توسط شورایعالی امنیت ملی صورت می‌گیرد.» بقیه مقام‌های دولتی هم دقیقاً بر همین خط خبری تاکید کردند تا پس‌لرزه‌های انتساب مسئولیت پرونده هسته‌ای به شمخانی را مدیریت کنند.
محمدرضا عارف، معاون اول رئیس‌جمهور در حاشیه جلسه هیئت دولت گفت: «این تصمیمات با شورای عالی امنیت ملی است و مسئول مذاکرات هسته‌ای نیز وزارت امور خارجه است.» محمدجواد ظریف، معاون راهبردی رئیس‌جمهور هم در پاسخ به خبرنگاران در این زمینه گفت: «زمان وزارت من آقای شمخانی مدیریت عملیاتی را بر عهده داشتند و مذاکره بر عهده‌ی وزارت خارجه بود. فکر می‌کنم هنوز هم مذاکرات هسته‌ای در اختیار برادر عزیزم، جناب آقای عراقچی است که هم سابقه بسیار خوبی دارند و هم مورد اطمینان مقام معظم رهبری هستند.»
مصطفی نجفی، فعال شبکه‌های اجتماعی در واکنش به انتساب این عنوان به شمخانی می‌نویسد: «آقای شمخانی حدود یک سال است که در چارچوب یک کمیته مشترک، مسئولیت پرونده هسته‌ای را برعهده دارند. طبق شنیده‌های من و برخلاف برخی نظرات، نقش آقای شمخانی در این پرونده مثبت و عمل‌گرایانه است. ضمن اینکه، با مدیریت پرونده هسته‌ای توسط آقای شمخانی که البته در هم‌افزایی با سایر نهادها است، می‌توان به مذاکرات احتمالی پیش‌رو امیدوارتر بود.هرچند باید در نظر داشت که مذاکره دو طرف دارد!»
وجود چنین کمیته‌ای و عضویت شمخانی در آن، پیش از این نیز در خفا مطرح شده‌بود اما اینکه چرا بعد از خروج شمخانی از دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی، مسئولیت هماهنگی‌های مربوط به پرونده هسته‌ای به جانشین او، علی‌اکبر احمدیان، سپرده نشد، روشن نیست.
موضوع تشکیل کمیته‌ای مشترک برجام، سابقه طولانی دارد. نخستین کمیته از این دست سال ۱۳۹۵ و درست پس از انعقاد این توافق ایجاد شد. هیئت نظارت بر اجرای برجام با عضویت حسن روحانی، رئیس‌جمهور وقت، علی لاریجانی، رئیس وقت مجلس شورای اسلامی، محمدجواد ظریف، وزیر وقت امور خارجه، حسین دهقان، وزیر وقت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح، علی شمخانی، دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی، علی‌اکبر صالحی، رئیس وقت سازمان انرژی اتمی، سعید جلیلی، عضو شورای عالی امنیت ملی و علی‌اکبر ولایتی، مشاور امور بین‌الملل رهبری با تصویب شورای عالی امنیت ملی و تایید رهبر انقلاب تشکیل شد.
جلسات این هیئت و کمیته‌هایی که پس از آن تشکیل شدند، همگی محرمانه بودند و اساساً مشخص نیست که هر یک از این کمیته‌ها چند جلسه و با حضور چند تن از اعضا تشکیل جلسه داده‌اند. به نظر می‌رسد که مسئولیت کمیته نظارت بر اجرای برجام، بعد از خروج آمریکا از برجام و توقف اجرای برجام از سوی آمریکا تمام شده‌باشد.
برخی گزارش‌های بعدی از تشکیل یک کمیته جدید پس از مشخص شدن نتیجه انتخابات ۲۰۲۰ آمریکا حکایت دارد. در این دوران با توافق حسن روحانی، رئیس‌جمهور وقت، محمدباقر قالیباف، رئیس مجلس شورای اسلامی و علی شمخانی، دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی کمیته‌ای جدید تشکیل می‌شود تا مذاکرات با دولت جدید آمریکا را برای احیای برجام مدیریت کند. عراقچی و شمخانی و نمایندگانی از مجلس عضو این کمیته بودند. در این فرآیند محمدجواد ظریف، وزیر خارجه وقت به اصرار قالیباف و شمخانی از حضور در کمیته باز می‌ماند؛ مسئله‌ای که در ادامه باعث دلخوری شدید ظریف از روحانی می‌شود.
سال ۱۴۰۰، پیش از برگزاری انتخابات ریاست‌جمهوری، زمزمه‌هایی از وجود کمیته‌ای با عنوان «کمیته تطبیق» برای بررسی مطابقت نتایج مذاکرات وین که از فروردین تا خرداد ۱۴۰۰ توسط سیدعباس عراقچی و اعضای باقیمانده در برجام انجام شد با سیاست‌های نظام مطرح شد.
مسعود براتی، فعال شبکه‌های اجتماعی و از مخالفان جدی برجام که خود را «کارشناس تحریم» معرفی می‌کند، خرداد ۱۴۰۰ در پیامی در شبکه اجتماعی توئیتر نوشت: «شنیده شده کمیته تطبیق برای بررسی میزان انطباق نتیجه مذاکرات وین با سیاست‌های اعلامی رهبری تشکیل شده است.
ترکیب این کمیته از مجلس، دولت و شورای عالی امنیت ملی است. امیدوارم این نهاد جدید مانند هیئت نظارت بر اجرای برجام عمل نکند. لغو کلیه تحریم‌ها و راستی‌آزمایی قبل از انجام تعهدات ایران سیاست اعلامی جمهوری اسلامی ایران است. به نظرم خوب است که اعضای این کمیته رسانه‌ای شود.» با توجه به محتوای اظهارات براتی، به نظر می‌رسد که کمیته تطبیق، همان کمیته‌ای است که بعد از پیروزی بایدن برای هدایت مذاکرات تشکیل شد. براتی بعداً مدعی شد که علی باقری‌کنی، به‌عنوان نماینده سیدابراهیم رئیسی، رئیس‌جمهور فقید ایران هم عضو این کمیته شده‌است و نتایج مذاکرات عراقچی را رد کرده‌است.
شاید جنجالی‌ترین اقدام شمخانی در دوره ۱۰ ساله ریاستش بر دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی، صدور بیانیه دبیرخانه در تایید مصوبه «اقدام راهبردی برای رفع تحریم‌ها» بود که به‌رغم مخالفت وزارت امور خارجه و رئیس‌جمهور و رئیس شورای عالی امنیت ملی با این مصوبه منتشر شد. شمخانی در این بیانیه منتقدان را به تندی «برخی طرف‌هایی که به‌دنبال گسترش و تداوم هیاهو و تخدیش نقش، جایگاه و عملکرد دبیرخانه هستند» معرفی کرد و نوشت: «هشدار می‌دهیم که اجازه نخواهیم داد منافع و مصالح کشور بازیچه دست سیاست‌بازان قرار بگیرد.»
حسن روحانی، رئیس‌جمهور پیشین ایران خردادماه سال جاری در جلسه‌ای با وزرا و معاونان دولت دوازدهم وضعیت آن زمان را اینگونه تشریح کرد: «قانون راهبردی مجلس بدترین قانون در تاریخ جمهوری اسلامی ایران است. ما از این قانون بدتر نداشتیم؛ قانونی که فقط توطئه بود برای اینکه دولت دوازدهم ناموفق شود. برای اینکه مردم نفس نکشند. معلوم است. من می‌دانم چه کسی طراحی کرده، چه کسی نوشته، کجا نشستند.
آدم‌هایش را می‌دانم چه کسانی نوشتند. در چه اتاقی نشستند. همه را من می‌دانم. خب خیانت شد به مردم. چرا ۳۰۰ میلیارد دلار در این سه سال به مردم صدمه زدند؟ سالی ۱۰۰ میلیارد دلار، مستقیم و غیرمستقیم، از فروش نفت و پتروشیمی و تخفیف‌هایی که به دیگران می‌دهند، به مردم صدمه زدند. چرا نگذاشتید حل شود؟ مسئله برجام در اسفند ۹۹ یا نه در فروردین ۱۴۰۰ حل می‌شد.
آقای دکتر ظریف طرحی به شورای عالی امنیت ملی آورد، زمان‌بندی کرده بود. تقریباً اواخر فروردین ۱۴۰۰ توافق نهایی می‌شد. همه زمان‌بندی‌ها را آورده بود. در شورای عالی امنیت ملی با اکثریت قاطع آرا تصویب شد. فقط یک نفر مخالف بود. ولی خب نشد ما اجرا کنیم. بیشترین عامل همین قانون بود که جلوی ما را گرفته بود.»
علی شمخانی، سیاستمدار ۶۹ ساله، فعالیت‌های سیاسی خود را پیش از انقلاب در مخالفت با حکومت وقت آغاز کرد. او بعد از بازداشت توسط ساواک به گروه مسلح منصورون پیوست که بعدها به یکی از اعضای سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی تبدیل شد، اما نهایتاً از این گروه جدا شد.
شمخانی مانند همه همقطارانش در منصورون بعد از انقلاب به سپاه پاسداران رفت و در دوره‌ای وزیر سپاه پاسداران در کابینه دوم میرحسین موسوی شد اما بعد از جنگ، شمخانی به ارتش منتقل شد و فرمانده نیروی دریایی ارتش شد. او در دولت خاتمی به عنوان وزیر دفاع انتخاب شد و در دولت روحانی نیز به عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی برگزیده شد. شمخانی در حال حاضر عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام و مشاور سیاسی رهبری است و البته به گفته خودش مسئول پروند هسته‌ای ایران است.
علی شمخانی در مصاحبه آذرماه خود مدعی می‌شود که هیچ نسبتی به لحاظ فکری و تشکیلاتی با سعید جلیلی ندارد. تردیدی نیست که به لحاظ سیاسی، شمخانی مسیری کاملاً متفاوت از جلیلی را برای خود انتخاب کرده‌است، اما این دو سیاستمدار دو شباهت اساسی با یکدیگر دارند: نخست اینکه هیچ‌یک از آنها تاکنون به‌رغم تلاش نتوانسته‌اند در یک منصب انتخابی در حکومت خدمت کنند و دوم اینکه هر دو در مورد پرونده هسته‌ای حرف‌های زیادی برای گفتن دارند و تمایل دارند که نظرات شخصی خود را در پرونده هسته‌ای اعمال کنند.
حرف‌ها و شایعات در مورد شمخانی بسیار است؛ هرچند که خودش این شایعات را به بدخواهان نسبت می‌دهد. زمانی که فرزندان شمخانی در رسانه‌ها به ثروت افسانه‌ای و کاسبی تحریم متهم شدند، او در پاسخ نوشت که برای التیام «زخم تحریم» از «جان و آبرو مایه می‌گذاریم. ناگفته‌ها بماند برای بعد.» آنچه در مورد اطرافیان و خانواده درجه یک شمخانی در رسانه‌ها و شبکه‌های اجتماعی نقل شده‌است، تاکنون هرگز مورد رسیدگی قرار نگرفته‌است و کسی از میزان صحت و سقم این اتهام‌های مالی و اقتصادی باخبر نیست.
اقدام علی شمخانی در سال ۱۳۸۰ برای نامزدی در انتخابات ریاست‌جمهوری، در شرایطی که به‌عنوان وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح دولت خاتمی مشغول به کار بود، اقدامی جنجالی در آن زمان محسوب می‌شد. هرچند شمخانی در انتخابات از خاتمی شکست خورد و خاتمی هم مجدداً در دولت بعدی او را در مقام وزیر دفاع منصوب کرد، اما از همان زمان روشن بود که شمخانی بلندپروازی‌های سیاسی زیادی دارد. شمخانی گفته‌است که به هیچ‌یک از رؤسای‌جمهوری پس از خاتمی در انتخابات رای نداده‌است.
نه احمدی‌نژاد، نه روحانی و نه رئیسی، نامزدهای مطلوب شمخانی نبودند. در ماه‌های پایانی دولت دوازدهم، شمخانی در مصاحبه‌ای با خبرگزاری ایسنا به شدت از نامزدی و ریاست‌جمهوری فرماندهان نظامی حمایت کرد. او گفته‌بود: «متاسفانه در کشور ما برخی افراد و گروه‌ها تلاش می‌کنند افرادی را که در کسوت نظامی در جنگ حضور داشته و برای دفاع از کشور جانفشانی کرده‌اند با برچسب‌هایی چون خشونت‌گرا و معتقد به تفکر پادگانی و مستبد و... از میدان خارج کنند.» در آن دوران نام‌هایی مانند محسن رضایی، محمدباقر قالیباف و حسین دهقان برای حضور در انتخابات مطرح می‌شد که از نظامیان پیشین بودند.
این مصاحبه بعد از آن انجام شد که شمخانی در ائتلاف با قالیباف، توانستند با تصویب قانون «اقدام راهبردی برای رفع تحریم» جلوی رسیدن دولت روحانی را به اهدافش در مذاکرات هسته‌ای بگیرند. شمخانی امیدوار بود که قالیباف بعد از چندین تجربه شکست در انتخابات، بتواند به نخستین رئیس‌جمهور نظامی جمهوری اسلامی تبدیل شود، هرچند این اتفاق نه در انتخابات ۱۴۰۰ و نه در انتخابات ۱۴۰۳ ممکن نشد. قالیباف، سه ماه بعد از مصاحبه شمخانی با صدور بیانیه‌ای اعلام کرد: «با توجه به کاندیداتوری آقای رئیسی، بنده بنای ثبت‌نام در انتخابات را ندارم.»
سه سال بعد اما با برگزاری انتخابات در پی شهادت رئیس‌جمهور پیشین، قالیباف بار دیگر شانس خود را برای ریاست‌جمهوری امتحان کرد اما این بار هم موفق به پیروزی در انتخابات نشد تا ایده قدیمی شمخانی برای رئیس‌جمهور شدن یک نظامی سابق همچنان عملی‌نشده باقی بماند.
